Sekolah Tinggi Agama Islam Shalahuddin Al Ayyubi Jakarta Utara adalah kelanjutan dari Universitas Shalahuddin Al Ayyubi (UNSA) jakarta yang didirikan pada tanggal 26 Jumadi Al Tsani 1404 bertepatan dengan tanggal 29 Maret 1984. Berdirinya lembaga tersebut diprakarsai oleh Yayasan Al Jihad Jakarta dengan Akte Notaris H.Abdul Kadir Usman No.04 tanggal 4 April 1984, diresmikan oleh Jenderal H.Tri Sutrisno (sewaktu menjabat sebagai Pangdam V Jaya). Penyelenggaraan Sekolah Tinggi Agama Islam yang sedang berlangsung saat ini bernaung di bawah Departemen Agama.

Fakultas yang mula-mula didirikan adalah Fakultas Tarbiyah, Fakultas Da'wah, Fakultas Syariah, Fakultas keguruan dan Ilmu

Pendidikan, Fakultas Sospol dan Fakultas Ekonomi, kemudian menyusul Fakultas Teknik. Berdirinya Universitas ini mendapat rekomendasi dari Pemerintah Daerah Walikota Madya Jakarta Utara, nomor: 199/078.6 tanggal 23 Agustus 1985.

Selanjutnya, Fakultas Tarbiyah Universitas Shalahuddin Al Ayyubi Jakarta Utara memperoleh Izin Operasional dengan status tercatat dari Ketua Koordinator Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (Kopertais) Wilayah I Jakarta dan Lampung, dengan Surat Keputusan Nomor: 31 Tahun 1985, tanggal 25 September 1985. Kemudian pada tanggal 3 Februari 1987 Team Kopertais Wilayah I mengadakan peninjauan dan penilaian dalam rangka pemberian status TERDAFTAR, demikian juga Tim dari Direktorat Pembina Perguruan Tinggi Islam Departemen Agama Republik Indonesia pada tanggal 2 Mei 1987 mengadakan peninjauan dan penilaian dalam rangka penelitian status tersebut.

Tidak lama kemudian Fakultas Tarbiyah Universitas Shalahuddin Al Ayyubi Jakarta Utara memperoleh status TERDAFTAR untuk program sarjana muda, dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama, nomor: 59/E/1987 tertanggal 25 Juli 1987. Kemudian diperbaharui dengan Keputusan Menteri Agama RI nomor:55 Tahun 1989, tertanggal 1 Maret 1989 tentang penyesuaian jurusan dan program pendidikan strata satu (S1) dengan perubahan nama menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Shalahuddin Al Ayyubi Jakarta Utara.

Kemudian pada tahun 1994, Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Shalahuddin Al Ayyubi Jakarta Utara mendapat perpanjangan status TERDAFTAR, dengan Surat Keputusan Menteri Agama RI NO.194 Tahun 1994, tertanggal 23 Juli 1994. Dan pada tahun akademik 1994/1995 dibuka dua Jurusn Pendidikan Agama Islam (PAI),

dan Jurusan Kependidikan Islam (KI). Berdasarkan Peraturan Pemerintah NO.30 Tahun 1996 dan Surat Keputusan Yayasan Al Jihad No.1722/YAJ/XII/1997, maka sejak 1 Januari 1998, Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah(STIT) Shalahuddin Al Ayyubi Jakarta Utara dirubah namanya menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam(STAI) Shalahuddin Al Ayyubi Jakarta Utara dengan memiliki tiga Jurusan yaitu, Pendidikan Agama Islam, Kependidikan Islam, dan Manajemen Da'wah Islam.

Pada akreditasi tahun 1999, STAI Shalahuddin Al Ayyubi Jakarta Utara telah mendapat rekomendasi dari Kopertai Wilayah I, dengan status DIAKUI dengan Nomor:UM.011.3/681/XI/1999, tertanggal 9 November 1999. Kemudian pada tanggal 9 Mei 2000 dikeluarkan SK Dirjen Bimbaga Islam No.E/55/2000, tentang penetapan status DIAKUI.

Pada tahun akademik 2001/2002 jumlah mahasiswa secarakeseluruhan adalah 1200 mahasiswa dengan tenaga pengajar dosen sebanyak 40 dosen , dan pada tahun akademik 2002/2003 STAI Shalahuddin Al Ayyubi Jakarta Utara membuka program baru, yaitu program Akta IV, Program Diploma I, Diploma II, dan Program Ma'had Aly Plus (Lembaga Bahasa Arab dan Tahsin Al Qur'an serta program ekstensi PAI).

Selanjutnya pada tanggal 4 Agustus 2005 STAI Shalahuddin Al Ayyubi Jakarta Utara telah mendapatkan perpanjangan Izin Penyelenggaraan berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor: DJ.II/332/2005. Dan pada tanggal 18 Desember 2005 seiring dengan berakhirnya tugas pimpinan yang lama diadakan pemilihan pimpinan baru untuk periode 2006 s/d 2010